Objetivo General:
DETERMINAR EL ESTADO TAXONÓMICO DE LAS ESPECIES DE MURCIÉLAGOS REPORTADAS PARA LA REGIÓN DE OSA, COSTA RICA, CON EL FIN DE ACTUALIZAR LA DIVERSIDAD DE ESTE GRUPO DE ORGANISMOS EN LA ZONA.
Objetivos Específicos:
- Verificar la identificación de las especies de murciélagos encontradas en Osa a partir de análisis moleculares.
- Establecer las relaciones filogeográficas entre las poblaciones de murciélagos de Osa y otras regiones de Costa Rica.
Resultados Principales:
No se logró cumplir ningún objetivo por los problemas presentados en la extracción y amplificación del ADN, los cuales se explican en la sección “Dificultades encontradas”.
Dificultades Encontradas:
Contrario a lo que originalmente estaba previsto, el desarrollo de los protocolos adecuados para la extracción de ADN tomó mucho más tiempo. En resumen, se probaron 3 métodos de extracción con muy poco éxito, y cada método se modificaba levemente para mejorar la cantidad de ADN extraído sin éxito. Todo este proceso fue sumamente lento porque cada prueba implicaba la compra de nuevos materiales (que tardaba entre 2-4 semanas), el entrenamiento en cada proceso, y luego cada prueba no se lograba completar en un ciclo corto de tiempo (por los procedimientos requeridos).
Otra dificultad encontrada fue con algunos materiales que no resultaron adecuados para el equipo que teníamos. Por ejemplo, compramos puntas, tubitos de PCR y el estándar de tamaño molecular que al ser enviados por los proveedores no servían o no eran funcionales, con lo que tuvimos que coordinar para enviar y re-enviar reemplazos para evitar que 1) las puntas se cayeran de las micropipetas, 2) los tubos se rompieran en el aparato de PCR y 3) a los geles les faltaba la información de referencia del número de pares de bases. Todo este proceso nos tomó varias semanas en las que dependíamos completamente de la disponibilidad de materiales y envío por parte del proveedor.
Ya que los tejidos que utilizamos estaban relativamente viejos, en un momento pensamos que su ADN estaba tan degradado que no iban a funcionar. Entonces decidimos probar con tejidos más nuevos y comparando la extracción de ADN de estos con colitas de ratón. Notamos que las colas de ratón producían mucho ADN, no así los tejidos más nuevos de murciélagos (a partir de la membrana del ala). Entonces fue cuando consideramos que sería necesario utilizar un método de extracción de tejidos más agresivo y entonces cuando decidimos consultar a investigadores del Laboratorio de Biotecnología Microbiana del CIPRONA. Sus sugerencias son las que finalmente lograron generar una cantidad suficiente de ADN.
También sufrimos contratiempos por problemas de contaminación de los primers (o cebadores) originalmente adquiridos. Se compró un nuevo juego de primers que resultó no funcionar bien para el grupo de estudio. Luego de consultar a investigadores con experiencia en la amplificación de los genes de interés, tomamos la decisión de comprar un nuevo juego de primers. Con este nuevo juego iniciamos a finales del 2019 e inicios del 2020 el proceso de amplificación con las muestras extraídas en el 2019. Al igual que en ocasiones anteriores, la amplificación tampoco fue exitosa. Se iba a iniciar un nuevo conjunto de pruebas con la colaboración de investigadores del Laboratorio de Biotecnología Microbiana del CIPRONA, pero al iniciar la pandemia por el Covid-19 nos resultó imposible continuar el proyecto.
Información de Contacto:
Ph.D. Gloriana Chaverri Echandi, Investigadora Principal
GLORIANA.CHAVERRI@ucr.ac.cr